Сучасний висококваліфікований фахівець повинен володіти глибокими знаннями та конструктивним мисленням. Щоб стати ним, необхідно досконало володіти методологією наукових досліджень та умінням практично їх застосувати. Важливим етапом є запровадження в навчальний план дисципліни «Методологія наукових досліджень» з новими завданнями, покликаними сформувати у випускників конкретні уміння та навички, що відповідають сучасним вимогам підготовки здобувачів третього рівня (доктор філософії) за спеціальністю «Екологія».